Pesquisadores do consórcio público Proyecto País, na Argentina, desenvolveram um algoritmo que permite determinar se mais de uma forma de SARS-CoV-2 é encontrada na amostra. Como os casos são identificados em pacientes com coinfecções
No mundo já houve mais de 664 milhões de casos de pessoas diagnosticadas com COVID desde o início do surto que começou na China no final de 2019. Naquela época, o vírus que causa a doença era desconhecido, mas desde então diferentes estudos foram realizados que permitiram até mesmo a vigilância de sua evolução.
Na Argentina, pesquisadores científicos que fazem parte do consórcio Proyecto País, do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação da Nação, desenvolveram um software com um algoritmo que permite detectar se uma pessoa adquiriu a infecção por mais de um coronavírus. Ou seja, torna possível distinguir se uma pessoa tem variantes diferentes ou suas várias sublinhagens.
Pesquisadores desde 2020 começaram a sequenciar genomas de coronavírus a partir de amostras de pacientes com COVID.
“Desenvolvemos um algoritmo que nos permite analisar a saída bruta do sequenciamento por uma das duas tecnologias. Ele permite determinar se mais de uma forma do coronavírus SARS-CoV-2 é encontrada nessa amostra. Pode ser que sejam dois vírus da mesma linhagem mesmo ou, claro, vírus de diferentes linhagens ou variantes”, explicou ao Infobae Carolina Torres, coautora do trabalho e pesquisadora em virologia da Faculdade de Farmácia e Bioquímica da Universidade de Buenos Aires e Conicet
A pesquisa foi publicada na edição de fevereiro da revista Virus Research. No artigo, a equipe liderada por Mariana Viegas, do Hospital Infantil Ricardo Gutiérrez, e Paula Aulicino, do Laboratório de Biologia Celular e Retrovírus, que faz parte do Hospital Pediátrico Garrahan, explicou que o sequenciamento genômico do coronavírus se mostrou fundamental para a detecção e resposta à pandemia.
Ao fazer esse sequenciamento, informações valiosas sobre a biologia e a evolução do vírus são obtidas. De acordo com o banco de dados GISAID, mais de 13 milhões de sequências completas do coronavírus foram geradas. Esta informação permite a monitorização em tempo real da diversidade genómica do SARS-CoV-2 em todo o mundo.
Entre as diferentes tecnologias de sequenciamento de próxima geração (NGS), a da Illumina foi a mais comumente adotada. Representando 80% dos genomas do SARS-CoV-2. Embora as metodologias de sequenciamento tenham alta sensibilidade para detectar mais de uma população viral dentro de uma amostra, não houve um método padronizado para caracterizá-la.
A infeção simultânea por duas linhagens diferentes do SARS-CoV-2 foi demonstrada pela primeira vez logo após o início da pandemia numa portuguesa de 17 anos. Ela estava saudável e desenvolveu doença grave de COVID-19.
Há também superinfecções por SARS-CoV-2, que geralmente estão associadas à excreção viral prolongada e a condições subjacentes do hospedeiro, como imunossupressão.
Tanto na coinfecção quanto na superinfecção, a identificação de populações mistas de patógenos é mais fácil quando a divergência viral é alta. Mas pode ser complicado detectá-lo em ambientes de baixa heterogeneidade genética.
“A identificação de coinfecções por SARS-CoV-2 é mais importante considerando o surgimento de variantes virais com potencial escape imunológico e aumento da transmissibilidade, que a OMS chamou de variantes de preocupação ou variantes de interesse, e a possibilidade de recombinação viral entre elas”, disseram os pesquisadores no estudo.
Os cientistas então desenvolveram o “VICOS”, que significa “Viral Co-Infection Surveillance”, consiste em software de código aberto para analisar populações mistas em sequências de coronavírus pela tecnologia Illumina.
O software foi utilizado para fazer uma análise de 1.097 sequências de SARS-CoV-2 a partir de amostras clínicas obtidas entre março de 2020 e agosto de 2021. Populações mistas de SARS-CoV-2 foram encontradas em 2% das amostras. Ou seja, detectaram 23 casos de pessoas com COVID com dois vírus SARS-COV-2 diferentes.
O percentual obtido é semelhante ao esperado de acordo com um pequeno número de estudos anteriores que utilizaram metodologias mais complexas para analisar o comportamento evolutivo do vírus, esclareceram.
A presença de dois vírus da mesma linhagem e muito semelhantes pode ser uma consequência da evolução do SARS-COV-2 no organismo hospedeiro. No entanto, a presença de vírus de diferentes linhagens mostra eventos de coinfecção (dois vírus infectam ao mesmo tempo) ou superinfecção (primeiro infecta um vírus e antes que a cura infecte outro).
Ao desenvolver o software lVAICOS, os pesquisadores consideraram que agora têm “uma ferramenta nova, rápida e muito útil para todos os laboratórios que realizam sequenciamento genômico para vigilância epidemiológica”.